Схема озера Иссык-Куль
У Иссык-Куля нет стока, поэтому у него солоноватая вода, но её солёность невысокая, практически в 2 раза меньше, чем у Аральского моря. У воды тёмно-синий цвет, зеленоватый у берегов. Озеро довольно прозрачное. Центральная часть озера имеет границу видимости примерно в 15 м, к сентябрю она достигает 20, 4 м, а к берегу она меньше - до 5-10м.
Проникновение солнечного цвета в прозрачную воду так глубоко, что в озере растут водоросли и на 70-метровой глубине. Систематическое использование озёрной воды в пищу и для питья не рекомендовано, поскольку в ней содержится вредная примесь фторных солей, которые разрушают зубы. Летом поверхность озера нагрета от 18-23 градусов до 29-30. ОТ глубины в 200 метров и вплоть до дна постоянно держится температура в +4, 3 градуса. Линия берега озера протягивается на 587 км и является слабоизрезанной и выровненной.
Заливы-эстуарии в восточной части Иссык-Куля представлены Тюпским и Джергаланским, а в южно-восточной части - Покровским заливом. Иссык-кульский рельеф котловины представлен равнинами, предгорным и горным комплексами. Озеро окаймлено прибрежной полоской равнины предгорья, которая сложена из речных и озёрных отложений. Самыми крупными возвышенностями являются Чаар-Джон в 2722 метра, Чон-Тосма высотой в 2382 метров, Кара-Бельтек выстотй в 2668 м, Бельбулак др. Местами расположение южной линии берега Иссык-Куля настолько близко к положению предгорий Терскей-Алатау, что озёрные воды плещутся у подножий Кизыл-Эшме, Кизыл-Чокду и Бозбешик.
Растительность. На Иссык-Куле близ берегов озера до самых предгорий находятся равнинно-предгорные пустыни и полупустыни на высоте 1630 - 1850 м. А зона предгорно-среднегорных степей находится на высоте 1850-2100 м. При въёзде в котловину из Боома вы увидите достаточно однообразную картину: озеро окаймлено узкой полоской лугов, а за ней заметите безводную щебнисто-дресвяную пустыню. Годовые осадки составляют здесь лишь 110 мм. Редко можно заметить полынно-солоноково-тыпчаковую растительность. В пустыне резко выделяются кусты чия (песчаного овца). Сухие степи занимают предгорья и равнины ближе к востоку из-за увеличения осадков. Здесь бедные коричневые почвы и серозёмы дают расти дерновинным злакам: типчаку, ковылю, тонконогу, а также сухолюбам и астрагалам: полынь, терескен, колючая карагана и пижма в виде полукустарников.
Животные. Много разнообразных животных населяют котловину Иссык-Куля, особенно её горный пояс. Западная пустынная часть населена типичными представителями пустынной фауны в виде тушканчика-прыгуна и гребенщиковой песчанки, а юго-западная часть сохранила даже тонконогую стройную антилопу джейран. Восток котловины является местом обитания реликтового тянь-шаньского суслика. Близ селений можно встретить скворцов, грачей и удодов. Густые заросли побережья таят фазанов. Предгорья приютили мелкого азиатского заяца-толая, серого хомячка и полёвку, которая вредит посевам. В предгорных степях из птиц можно встретить каменку-плясунью, орла-стервятника, горихвостку-чернушку и овсянка Бьюкенена.
Полные кислорода воды озера населены 13 видами рыб, которые относятся к карповым, лососевым и вьюнковым, представленных сазаном, серым гольцом, голым османом. То, что озеро давно было обособлено и изолировано из-за прекращения связи с р. Чу, стало причиной развития у рыб некоторых новых свойств, что позже привело к появлению особых видов рыб, которые свойственны только этому озеру. Годовой рыбный улов озера более 12 тысяч ц, ловят османа, маринку, чебака, сазана. А чебачок составляет 90% пойманного, его ещё называют «селёдочкой» - длина этой мелкой рыбы не превышает 30 см, а вес в среднем - 200-300 г, максимум же - 600 г.
Крупнозернистую красно-жёлтую икру и чёрную плёнку, которая окружает брюшину османа и маринки считают ядовитыми. Уже 40 лет проводят систематическую работу для обогащения озера самыми лучшими промысловыми рыбами. В Иссык-Куль выпустили мальков форели севанской, сига северного, омуля сибирского, судака волжского. В 1930 и 1936 гг. первых выпустили в озеро мальков форели севанской - гегаркуней. Хоть вода Иссык-Куля и солоновата, она стала настолько благоприятной ей, что кроме её акклиматизации произошло и хорошее размножение, и быстрый рост - быстрее в 1, 5 раза, чем на родине, в Армении, да и крупность рыбы возросла (в среднем она весит теперь 2, 05 кг, а максимум - 18 кг) по сравнению с Севаном, где в среднем рыба весила 0, 25 кг-05 кг, максимум 3, 5 кг. Раньше в озере было очень много рыбы, так как кыргызы не ели её и потому не ловили. Сейчас же её намного меньше из-за того, что её ловят весной при нересте. Также роль сыграла массовая лесная вырубка, что изменило режим речных стоков в горах и обмелило их, из-за этого некоторые реки, к примеру, Тамга, не может дойти до озера.
Незамерзающие воды озера, особенно его западный угол, стали местом зимовки уток (особенно часто встречаются красноносые нырки), чирков, лысух и серых гусей, также здесь зимуют лебеди в количестве 850 - шипуны и кликуны. Эти редкие прекрасные птицы отлавливаются только для зоосадов. В 1944 году в озеро выпустили ондатру, быстро акклиматизировавшуюся и заселившуюся в Покровском заливе и некоторых других мелководных заливах и устьях рек с богатой растительностью. Сейчас в Кыргызской Республике заготавливают примерно 70 тысяч ондатровых шкурок каждый год.